波多黎各海沟是一个在大西洋与加勒比海之间的海沟，最深处9219米(即30246英尺〕。此海沟与两个地带的相互作用有关。一个是沿着小安的列斯群岛的火山岛弧向南的隐没带；另一个地带是一个主要的转换断层或板块边界区域，位置在古巴与伊斯帕尼奥拉岛之间，穿过开曼海沟直至中美洲岸边。科学研究得出如果在断层沿线发生地震可以产生显著海啸的结论。波多黎各海沟位处两个板块互相经过一个分离边界而只有少量部分隐没。加勒比海板块（CaribbeanPlate）向东移动而北美洲板块则向西移动。北美洲板块令加勒比海板块向海沟的东南方隐没。隐没带的存在解释了为何在加勒比海的东南面会发现了活火山。火山活动在岛弧东南方沿线由波多黎各至南美沿岸十分频繁。波多黎各、美属维尔京群岛、英属处女群岛及多米尼加没有活火山，但她们都受到地震及海啸的威胁。