分子轨域的理论基础是建立在原子轨域的概念上：一个重要的原则是线性相加（linear combination of atomic orbitals）。亦即是说：分子轨域就是一堆原子轨域加加减减而已。它用的函数与描述原子轨域的函数是相同的，并没有建立新的函数关系。欲了解化学分子中电子分布的情况，目前较完整的理论即是分子轨域理论（Molecular Orbital Theory）。通常在大一的普通化学课程内容中会作简单的介绍，其实在高中化学课程中也已具有σ键、π键的概念了，只是不甚完整。而普化内容中仅谈到最简单的双原子分子，当分子变大或其中所含原子数目较多时，分子轨域很快就变得很复杂。通常要到研究所的阶段，我们才有需要更进一步了解其中详情。在实用上为了简化，价键理论（Valence Bond Theory）配合一点原子轨域的基本概念，通常已足够适用于描述一般的化学反应。特别是对于有机化学研究者而言，分子轨域的知识是十分有用，但是又嫌太复杂没有时间精力去弄清楚。