渔业自身污染是渔业养殖生产活动过程中由于缺乏全面规划和有效管理，盲目围海造地，养殖密度过大，同时不合理饲料投喂过量等原因造成的水体污染现象。在养殖生产活动过程中，由于缺乏全面规划和有效管理，盲目大规模围海造地、围垦建池、建造网箱、架设吊养台筏而造成养殖密度过大，远远超过河流、湖泊、海洋生态环境的承受能力，加剧了水质恶化，破坏了生态平衡，引发病害。又由于不合理饲料投喂过量产生的残渣碎屑、养殖对象排泄物以及渔业生产人员的生活排废污染，鱼药的滥用等等造成特定海域的生态系统的物流和能流循环受阻或紊乱，加剧了水域环境的恶化，同时使得水体中营养元素 (如氮、磷、硅等)有机盐等积累过多，通过转化形成过量的浮游植物(如硅藻、蓝藻等) 再转化成浮游动物。根据生物的食物链原理，低等生物只有被高一等的生物(如滤水性瓣鳃纲双壳类动物)全部消耗，才能达到生态平衡，如果浮游生物不能被全部耗尽，多余的浮游生物则腐烂分解成有机物(如甲烷)、无机物(如硫化氢等有毒气体)等，从而引起渔业水域水域富营养化，为赤潮生物提供了适宜的生态环境，是诱发赤潮的根源。