许多小分子化合物如生物素、荧光素、地高辛等在检测、纯化等方面有很大的作用,在核苷酸链上连上这些小分子(也可叫标记),或者用放射性同位素标记核苷酸,可拓宽而且使实验更为简单和有效。这种标记物就是核酸探针。化学及生物学意义上的探针(probe),是指与特定的靶分子发生特异性相互作用,并可被特殊的方法探知的分子。抗体-抗原、生物素-抗生物素蛋白、生长因子-受体的相互作用都可以看作是探针与靶分子的相互作用。核酸探针技术原理是碱基配对。互补的两条核酸单链通过退火形成双链,这一过程称为核酸杂交。核酸探针是指带有标记物的已知序列的核酸片段,它能和与其互补的核酸序列杂交,形成双链,所以可用于待测核酸样品中特定