聚酮合酶（polyketide synthases），医学-现代医学-药学领域-药物化学-微生物次级代谢产物化学-生物合成基因簇-聚酮合酶，一类复杂的多酶体系。其多以脂酰CoA为底物，通过重复的脱羧缩合过程产生线性聚酮化合物或环状的酮内酯，其过程类似于脂肪酸合酶催化的脂肪酸生物合成。简称PKS。根据PKS酶系的结构，已发现的PKS可大致分为Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型（包括查尔酮和均二苯乙烯合酶、植物特有的PKS及相关酶系）三种类型。①I型PKS又称模块类，由多个催化结构域通过共价连接组成模块，再由多个模块构成多功能酶复合体，合成大环内酯类抗生素，如红霉素、西罗莫司、利福霉素等。②Ⅱ型PKS又称重复类、迭代类、芳香类，含有的各个催化结构域为独立的蛋白，具有两个不同的酮缩合酶KSα和KSβ，KSα与PKSⅠ中的KS功能相同，KSβ则控制聚酮链的长度。Ⅱ型PKS主要合成芳香族的化合物，如蒽环类及四环化合物，首次报道是在1984年。1999年，日本东京大学的研究人员发现了一种类似苯基苯乙烯酮合成酶的PKS，后被称为Ⅲ型PKS。