重组子筛选，是指将通过重组产生的不同于亲本基因型的个体或组织即重组子，通过转化、转染等导入方式导入受体细胞，经过培养得到大量所需转化子菌落或转染噬菌斑，进而将重组体的转化子细胞或转染噬菌体从其他细胞群体中分离出来，鉴定该无性繁殖的外源基因确实为目的基因的过程。可用的方法有载体表型选择法，如抗药性标记及其插入失活选择法和半乳糖苷酶显色反应选择法。根据插入基因特定条件下表达产物特性直接选择；DNA电泳检测法包括直接电泳检测法、酶切电泳检测法和PCR扩增检测法；核酸杂交检测法和免疫化学检测法如放射性抗体检测法、免疫沉淀检测法、酶联免疫吸附测定（ELISA）和蛋白质印迹法。