玉米双色穗指玉米雌穗上的籽粒颜色出现差异，表现正常色与紫色相间、浅黄与深黄相间的一种疾病。玉米籽粒果皮下的一层至几层细胞，叫作蛋白质层或糊粉层。普通大田玉米的糊粉层是无色的，但在特定遗传背景下，只要出现至少九个显性基因，糊粉层就会表现紫色。九个基因中的五个互补基因的杂交后代，有色粒对无色粒将按一定比例分离。玉米籽粒糊粉层的下面是胚乳层，因基因突变，叶绿素、胡萝卜素使胚乳在颜色上发生变化，出现黄色、浅黄色、白色。若两个自交系胚乳的颜色均为黄色，则杂交后籽粒颜色为黄色；若两个自交系的胚乳的颜色均为浅黄色，则杂交后籽粒颜色为浅黄色；若两个自交系胚乳颜色一个为黄色，另一个为浅黄色(或白色)，则杂交后籽粒颜色为黄色。根据这一点，在利用两个胚乳颜色有差异的自交系制种时，由籽粒颜色的不同，可以判别自交率的高低，确定种子的质量。