行为审计学是行为科学渗入和融合到审计科学的产物。因而，其主要理论来源包括两大部分：一是审计学理论；二是行为科学理论。行为科学是当代新兴的主要由心理学、社会学和人类学构成的一门综合性科学。由于构成行为科学的心理学、社会学和人类学是古老而成熟的学科，因而行为科学一经提出就获得迅速发展。行为科学的主要理论有认知论、动机论、激威论、挫折论、人性论、群体论、冲突论、权力论、效率论等。将行为科学引进审计科学，拓展了审计对象，扩大了审计职能，丰富了审计依据，发展了审计方法，弥补了传统审计忽视被审对象心理因素及社会因素的不足之处。并将有助于解释审计行为产生的原因，预测经济行为规律，监督和控制异常经济行为的发生，激发经济行为动机，促进经济效益的提高。近年来，在对承包企业进行审计时，审计人员发现企业行为短期化以及违法乱纪的主要原因在于承包经营者的动机和自身素质不良，从而加强了对承包经营者的心理因素和社会因素的审计。