微生物区系,微生物所处的微小环境称为微环境,每个微环境只适合某种或某类微生物的生长繁殖,而不适合其它微生物的生长从而形成的群落结构,称为微生物区系。根据微生物生长繁殖的环境,可分为土壤微生物区系、肠道微生物区系等。设施土壤是一个人为干扰作用强、相对密闭的独特环境。土壤利用方式、土壤肥力以及土壤环境状况对土壤微生物生长发育有较大影响,,许多学者研究了不同种植年限设施土壤微生物区系的变化,有微生物数量随种植年限增加而持续增加和先增加后降低两种结论。出现不同结论的原因可能与很多因素有关,如采样时间、采样深度、采样点肥力水平差异等,因为不同采样时间和不同采样点,土壤的理化性状、土壤温湿度、土壤pH值、土壤有机质含量、土壤肥力水平等特性的差异等都在一定程度上对土壤微生物产生较大影响,但更重要的一个原因可能是与所采样品的最高种植年限有关,最高种植年限不同,土壤理化性状的变化也不同,土壤的结构、通气性、水分状况、养分状况等对土壤微生物均有重要影响。有研究表明,土壤中真菌数量增加而B/F比值减小,将不利于作物的生长;是大棚土壤土传病害增加的可能原因之一。