随机引物PCR(arbitrarily primed PCR，AP-PCR)是指在对模板顺序一无所知的情况下，通过随意设计或选择一个非特异性引物，在PCR反应体系中，首先在不严格条件下使引物与模板DNA中许多序列通过错配而复性。在理论上，并不一定要求整个引物都与模板复性，而只要引物的一部分特别是3'端有3-4个以上碱基与模板互补复性，既可使引物延伸。理论基础理论上，一旦在两条单链上相距一定距离且有反向复性引物存在，则可在Taq DNA聚合酶的作用下进行DNA片段的扩增，经1至数轮不严格条件下的PCR循环后，再于严格条件下进行扩增。经DNA测序凝胶电泳分离后，即可得到DNA指纹图，通过对不同来源基因指纹图之间的比较，即可反映出待分析基因组的特征。实例?例如AP-PCR在mRNA差异显示中的运用，就是根据mRNA 3'端都有poly(A), 在poly(A)5'前1个碱基除A外有3种(5'…TAA…A 3'; 5'…GAA…A 3'; 5'…CAA…A3')。通过选择一个与mRNA 3'端锚定引物(5'TT…TTG 3') 在逆转录酶的作用下进行cDNA