用于植物基因工程的启动子常根据其作用方式及功能分为三类:组成型启动子(在多数或全部组织中保持持续的活性)、特异型启动子(组织特异性或者发育时期的特异性)和诱导型启动子(受外界化学或物理信号调控)。 这种分类大体上反映了它们各自的特点，但不是绝对的。在某些情况下，一种类型的启动子往往兼有其它类型启动子的特性，如大部分果实特异性启动子也同时存在乙烯应答元件，因此也是乙烯诱导型启动子。定义能够使基因在所有组织中都能启动表达的启动子称为组成型启动子。组成型启动子的调控不受外界条件的影响，所启动基因的表达具有持续性，但不表现时空特异性。来源组成型启动子有两个主要的来源--植物病毒和植物看家基因，这使组成型启动子具有了多样性。 植物病毒 植物病毒有能够准确遗传的小基因和易于体外操作的小基因组。因此许多早期的组成型启动子都来源于植物病毒并且至今仍旧被广泛使用。例如最广泛使用的花椰菜花叶病毒CaMV35S启动子。该启动子转录调控区全长只有3Kb，更短的克隆片段也有活性，典型的用于植物表达载体的CaMV35S启动子是352bp长度，从-343 至+9的