蛋白质数据库是指包括蛋白质信息的数据库。常用的蛋白质数据库有很多，其中Uniprot被认为收录最广泛和注释信息最全面的蛋白质数据库。Uniprot下包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD，详见Uniprot_百度百科。其他的蛋白数据库有PDB(Protein Data Bank，简称PDB，开始建立于1971年)等。国内也有些如由上海生物信息技术研究中心下属的生物信息科学数据共享平台建立及维护的SDSPB等。编辑本段简介蛋白质数据库(HPDB)，建于2005年5月， 动态展示生物大分子立体结构，鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离，可用于教学或科研。 服务对象是能够熟练使用中文的生命科学、医学、药学、农学、林学等领域的大中专学生、教师及科技工作者 。分子结构特征描述采用汉语，同时提供英文原文以供考证。 对于善于使用英文的读者，我们提倡直接访问RCSB PDB，一来可以减少网络拥挤，二来可以减少由于 HPDB 的翻译不妥带来的不便。蛋白质数据库(HPDB)对每个蛋白质分子结构说明部分做了中文翻译(最新加入数据库的分子除外)，内容包括分子结构定性描述