生物安全性是指生物体对人是否安全，一般特指生物体经过基因工程改造后对人是否还依然安全。安全性有关基因工程改造的生物产品的生物安全性问题的争论由来已久，就像核技术开始发展时一样，有人坚决反对，也有人认为只要使用得当就能为人类造福。基因工程改造过的生物及产品基本都是安全的，这当然与各国政府制定相关法规以及各国科学家的共同努力分不开。以农业上应用的基因工程为例，迄今为止，只发现一例有明显的副作用，即巴西坚果中有一种基因，它制造一种称为清蛋白的蛋白质，科学家们把这种基因转到农作物中以期提高农产品中的蛋白质含量从而提高品质。结果发现，蛋白质含量提高了，但有些人对这种新加入的蛋白质过敏，因此，这种基因后来不再用于基因工程。有的人还担心有些基因工程改造过的生物其危害恐怕不是短时间可看到的，例如在农业上人们已经通过基因工程获得了抗各种除草剂的农作物，这种基因工程农作物种到地里，洒上除草剂，杂草全被杀死，农作物照样茁壮成长，但是有人担心，随着这种基因工程农作物的花粉四散飘飞，与其他的杂草进行授粉，几代以后杂草就有可能抗除草剂，如果这样，杂草就更加难以杀死了。还有在"基因工程"中提到的棉钤虫的毒素