磷脂酰肌醇特异的磷脂酶C（PI-PLC）有3个家族β、γ、δ。各种PI-PLC有类似的催化活性，主要是因为这些酶有两个保守性相当高的氨基酸序列，分别叫X和Y区，它们大约含有150和130个氨基酸残基。二区在三个家族间的同源性为43%和33%，但各家族内成员间同源性可达79%。当酶蛋白折叠，此二区靠近形成活性中心。X区位置比较恒定，Y区位置变异较大。PI-PLC中含有SH结构域可以与其他蛋白相互作用。2002年研究发现PLC的一个新构型——PLCζ，是发现的PLC家族中最小的亚型，因为相比较其他亚型缺少了一个PH结构域。PLCζ同雄性不育关系密切。