分子网络是在生物系统中包含很多不同层面和不同组织形式的网络。包括基因转录调控网络、生物代谢与信号传导网络、蛋白质相互作用网络。生物系统的概念是指从系统论的角度与观念来看生物体与生物界，将生物不同层次的结构体系看做"系统"。生物分子泛指生物体特有的各类分子，它们都是有机物。典型的细胞含有一万到十万种生物分子，其中近半数是小分子，分子量一般在500以下。其余都是生物小分子的聚合物，分子量很大，一般在一万以上，有的高达10，因而称为生物大分子。构成生物大分子的小分子单元，称为构件。氨基酸、核苷酸和单糖分别是组成蛋白质、核酸和多糖的构件。