穿膜信号包括转移起始信号（start-transfer signal）和转移终止信号 (stop-transfer signal) 。穿膜信号是随着转移起始信号和转移终止信号在肽链上的位置和次数不同，膜整合蛋白的跨膜次数也不相同，在各种膜整合蛋白的形成过程中起着重要的作用。最简单的膜整合蛋白，其肽链氨基端只有一个信号肽构成的转移起始信号，而且在信号肽附近没有酶作用位点。当多肽链穿膜后，信号肽插在内质网膜中，而其度基末端游离在内质网腔中；如果转移起始信号反向插入肽链氨基端，当肽链的氨基端穿过膜后，转移起始信号（信号肽）插在内质网膜中，而其氨基末端游离在内质网腔中。