琼脂糖酶，β-琼脂糖酶切割琼脂糖亚单位或未置换的新琼脂乙糖（3，6-酐-α-L-吡喃型半乳糖基-1-3-D-半乳糖）生成新琼脂-寡糖（1）。β-琼脂糖酶 I 消化琼脂糖，形成不能再成胶的碳水化合物分子，同时释放所俘获的 DNA。通常残留的碳水化合物分子或 β-琼脂糖酶 I 不会影响随后的限制性内切酶消化、连接反应及转化反应等 DNA 操作。海洋及其他环境中可以分离出能够降解琼脂的琼脂糖酶.按照作用方式的不同，可将琼脂糖酶分为α-琼脂糖酶和β-琼脂糖酶两种类型。不同的琼脂糖酶具有不同的生物学特性。琼脂糖酶在海藻单细胞的制备、海藻原生质体的制备、琼脂寡糖的制备、海藻多糖结构的研究及分子生物学研究方面具有重要的应用价值。