细菌变异是细菌的基本属性之一。具有相同基因型的细菌，在不同的条件下，可呈现不同的特性。在特定外界环境中，细菌在生长中所表现的形态和生理特征等形状的总和，称为表型。细菌的变异可分为两类：遗传变异（genetic variation）与表型变异（phenotypic variation）。遗传变异只发生在少数个体，但能稳定地传给后代，并导致变种或新种的产生。在这种意义上，遗传变异有利于物种的变化；而表型变异则因外界因素所致，常波及同一环境中的大多数个体，因遗传物质的结构未改变，其变化为可逆，表型变异不能遗传。核酸作为一切生物遗传的物质基础，主要有DNA和RNA两种类型，而DNA是细菌遗传的物质基础。细菌的遗传物质是以染色体和染色体外的遗传物质形式（包括质粒和转座因子）存在的。