棉壳二孢，称棉壳二孢菌，属半知菌亚门，球壳孢目，壳二孢属真菌。分生孢子器初埋生在棉株表皮组织下，成熟后露出在表皮上。孢子器球形，黄褐色，顶部具略突的圆形孔口，壁较薄易碎，大小82.8-210×75-189µm，内生很多分生孢子。分生孢子卵圆形，单胞或双胞，无色，大小4.5-7.3×3.5-3.8µm。病菌生长适温为25℃。该病菌在PSA培养基上，菌落黑色，细密，边缘白色疏松，表面粗糙。初生菌丝无色，细长；老熟菌丝深褐色，粗壮。菌丝生长迅速，一般在适温下4-6d后开始形成分生孢子器和分生孢子。在9-30℃均能生长，但在20-25℃下生长最好，10-29℃范围内病菌孢子均能萌发，19.2-22.5℃下发芽最好。病菌孢子发芽时，必须以糖作为碳源营养。在pH4.6-10.2下均可生长，正常生长的范围是pH6.8-7.4。