卓尼土司的始祖大约在唐朝末年率其家族和十六部落离开西藏，经过几个世纪的辗转迁徙，在元末明初由四川若尔盖进入甘南的迭部地区。明永乐二年(1404年) ，卓尼土司先祖些地征服了迭部达拉18族。永乐十六年(1418年)，以地献地投明，入京朝贡，被授为武德将军洮州卫指挥佥事世袭，为第一代土司。明正德三年（1508年），第五代土司旺秀进京晋见皇帝时，皇帝赐其姓杨名洪，从此卓尼土司以杨为姓。此后通过武力扩张，辖区不断扩大。到清代，卓尼土司多次受封，势力极盛，成为甘青各土司中势力最强者。明、清王朝对甘青川藏区各部实行“分而治之”的政策，使藏族各部落长期相互对立，卓尼土司政教合一政治制度便是在这种时代背景下产生并发展起来的。卓尼土司最盛时辖区包括今甘肃卓尼县、迭部县全境和舟曲县及临潭县部分地区，面积达35000平方公里。辖领16掌尕，48旗，520族，15000余户，近10万人。