小黑痣菌，属黑痣菌目，子囊菌纲，黑痣菌科，黑痣菌属。本属的分类研究主要是以形态特征为主，区分种的依据是子囊及子囊孢子的形态，大小，子囊孢子的排列方式等特征。小黑痣菌，拉丁名为Phyllachora minutissima。属于子囊菌门(Ascomycota)，子囊菌纲(Ascomycetes)，粪壳菌亚纲(Sordariomycetidae)，黑痣菌目(Phyllachorales)，黑痣菌科(Phyllachoraceae)，黑痣菌属(Phyllachora)，全世界大概500个种，广泛分布。黑痣菌属的无性型是壳线孢属(Linochora)。 黑痣菌属是活体营养型(biotroph)，不能在培养基中培养，对它的无性型观察比较困难。目前，对该属分子系统学研究报道较少。本属的分类研究主要是以形态特征为主，区分种的依据是子囊及子囊孢子的形态，大小，子囊孢子的排列方式等特征。