魏晋南北朝时期，专管地方军事的军府内协助长官分管各方面事务的府官。汉代将军依制开府置佐。三国时，都督、刺史、郡守加将军号，也可开府，但极少称为军府。西晋时，名称始渐固定，数量也渐多。往往虚立军府，动有百数。此外领兵军府的数量亦不少。军府上佐有时可负责府内事务，如东晋元帝司马睿说，车骑长史阮孚“既统军府”，表明其权势颇重。军府”通指禁军以外的诸将军、中郎将及监护少数族的中郎将、校尉所置的府。都督、刺史、郡守如加“军号”，亦在地方设置军府。都督分都督军事、监军事、督军事三级，都督如加“军号”，其府又称“都督府”、“统府”、“督府”。诸公与位从公加“军号”外放，及禁军的诸将军、中郎将、校尉等受命出征，也可暂置军府。北朝则从北魏孝昌（525～527）以后，“天下多难，刺史、太守皆为当部都督，虽无兵事，皆宜佐僚”。天平（534～537）之后有所改变，“非实在边要见有兵马者，悉皆断之”。