自治同盟是第三象限主要的星际国家，拥有长达几千年的历史，是个多种族的政权，服从于来自创建Founders（也就是变形人）的绝对统治。自治同盟致力于“给宇宙带来秩序”，高压控制着所有的成员国。随着贝久虫洞的发现，自治同盟通过贸易与在第一象限的政权发生了接触，并煽动了卡达西，星际联邦，克林贡的内部政治结构变动，借由克林贡之手瓦解卡达西，并乘势接管了卡达西，在第一象限站稳了脚跟。随即自治同盟战争爆发。这场长达年的战争最终以自治同盟战败结束，自治同盟被迫接受了来自第一象限的客人们。自治同盟的早期历史被记录在变形人Great Link中，以创建者的早期历史为开端。几千年前，变形人在星际游荡来发现了解其他的种族，增加他们关于银河系的知识。可是，无论变形人走到哪，他们总是被周围的人猜疑，仇恨，嫉妒。固体人们害怕变形人变形能力，拷打，追捕甚至猎杀他们，将变形人赶上绝路，只有好心的沃塔人（Vorta）收留了他们。