指示菌（indicator bacteria）是指对某种特定的噬菌体有敏感性的细菌。用这种细菌将该噬菌体与另外的噬菌体相区别，或是用它来测定噬菌体的粒子数。例如，B/2是噬菌体T2h+的抗性菌。但却容许该噬菌体寄主区突变株T2h的增殖。指示菌B则两种噬菌体都可以增殖。如果将此二种噬菌体的悬浮液适当稀释，并分别以B和B/2作为指示菌进行分辨，则B所产生的溶菌斑数表示整个噬菌体量；而B/2所产生的噬菌体数只表示T2h的量。此外，如果将大致等量的B和B/2混合作为指示菌，而T2b+因B能增殖B/2不能增殖，而形成混浊的噬菌斑。另一方面由于T2h任何菌都可以增殖而形成透明的噬菌斑。因此，可以分别测定T2h+和T2h。把二种菌混合作为指示菌时，称为混合指示菌。