原名嘉徵，生于光绪九年（1883年）正月初七日。浙江绍兴人，父亲是光绪年间汉口县官吏。幼时随父迁居武汉。光绪二十九年(1903年)因小腿胫骨骨折肄业于湖北武备学堂。曾任湖南永州镇文卫营官，不久因病离职。1914年任汉口俄商巴公洋行华籍经理，作地产交易。1915年时独子患淋巴结核死亡，孙在悲痛之余，潜心钻研医学，从民间的刮痧、用柳条抽打疟疾病人身体等治病方法中得到启示，开始研究梅花针术。起初只是单纯治疗淋巴结核病，以后治疗范围逐步扩大到风湿性关节炎、神经官能症、急慢性肠胃炎、神经性皮炎、面部神经麻痹及哮喘等疾病，先后在汉口汉润里、长清里设寓应诊。