马桂源（1843年（一说1813年）—1873年），清末西宁回民起义首领。原名马归源，原籍甘肃河州(今临夏)，后移居西宁。伊斯兰教花寺门宦教主，西宁回民总约。同治元年(1862)清廷采取绥靖政策，青海办事大臣玉通解散西宁团练，保举他为循化厅同知。同治四年(1865)丹噶尔厅同知借口穆夫提门宦将起事，而屠杀城内回族。于是花寺门宦与穆夫提门宦联合起来，共同反清。他利用玉通所予“西宁知府”之职权，支持马文义起义的军事行动。一时起义军控制西宁府所属地区，发展生产，重修孔庙，扩建清真寺，并且改善了民族关系。坚持十余年后西宁府城失守。他又率余部转移退往巴燕戎格厅。清军追击，又退至扎巴什城。十二年(1873)二月他在扎巴什东山被捕，解往兰州杀害。