纯系育种(pure line selection)是作物育种的最基本方法。即从现有品种群体中选择优良自然变异个体(株或穗)，通过后裔鉴定，保纯繁育,育成新品种。适用于自花授粉和常异花授粉作物,也用于无性繁殖作物的芽变选择。沿革作物育种是从纯系选择开始的，不论采取何种途径，都与个体选择相联系。中国北魏时的《齐民要术》对谷物选种的必要性、选种方法及种子贮藏、保纯等已都有论述。清代《几暇格物篇》也记有通过单株选择获得早熟御稻品种的事实。至近代，法国人德维尔莫兰在进行糖用甜菜等作物育种时，于1856年首先提出单株的优劣必须通过种植并考查其后代表现才能作出评价这个基本原则,即"德维尔莫兰分离原则"。1903年,丹麦W.L.约翰森根据菜豆试验提出了纯系学说为纯系育种奠定了理论基础。此后，世界各国都依此原理采用个体选择法开展各类作物的育种。特点自花授粉作物品种是由大同小异的一些纯系所组成，经过一次选择，所得的单株(穗)都是遗传上的纯合体。只要该当选单株(穗)是优良个体，经过几年鉴定比较，如显著优于对照品种，即可作为新品种申请参加区域试验。这种方法简单，试验年限短。