神佛分离为发生于明治元年(1868年)前后的一系列关于佛教的事件，该事件造成日本佛教的衰退。庆应四年三月二十八日，日本明治政府颁布了"神佛分离令"，以禁止天皇所遵从的神令与佛教混合。却因误解于引发"废佛毁释"运动，造成佛教空前的迫害浩劫，大量佛寺佛像被毁，僧侣被强制还俗。相反，神只官职逐渐上升，并形成神道国教主义。而此前的日本佛教在此事件后，逐渐产生一群复兴佛教以己任的僧侣。江户年代亦有儒学昌盛的藩国施行神佛分离政策。?明治政府为了确立天皇的神威而采取的宗教政策。1868年(明治元年)，政府基于政教一致的方针，为禁止神佛混淆而颁布《神佛判然之令》，命令讲神佛佛具从神社里撤出，将与神社有关的器物从寺院撤出，并命令原属于神社的僧侣还俗。神佛判然令下达前，神社的神官常被称呼为“和尚”，有些巫女则被称呼为比丘尼，比如著名的“熊野比丘尼”，即是为熊野三山神社劝募的团体。江户年代亦有儒学昌盛的藩国施行神佛分离政策，如冈山藩、水户藩、淀藩；出云大社在17世纪亦采取神佛分离的作法。