特殊星系是大小、形状或构造与众不同的星系。特殊星系通常是由两个星系之间的交互作用造成的,也许比典型的星系有更多的尘埃与气体,或是有较低的表面亮度,也或者有其他的特性,例如相对论性喷流。它们的形状由于和其他的星系遭遇,在巨大的引力下而呈现出高度的不规则性。像是在哈尔顿的目录中,特殊星系的符号是"p"或"pec"。分类特殊星系(peculiar galaxy)是指形态和结构不同于哈勃分类中正常星系的河外星系。这一类星系的特殊性质主要是因星系核的活动和主星系同伴星系之间的相互扰动造成的。特殊星系可分为类星体、塞佛特星系、N型星系、射电星系、马卡良星系、致密星系、蝎虎座BL型天体、有多重核的星系和有环的星系等等。这些星系的命名,有的是根据历史情况,有的是根据星系特性,有的是根据发现者的名字而来的。已知上述各类星系之间有重叠、交错的情况。例如,马卡良星系中至少有10%可归入塞佛特星系,N型星系中有很多又属于射电星系。特征形态特征在照片上,大多数特殊星系和暗一些的背景星系相比较,有一个很亮的致密核。有的特殊星系外围有伴星系(常形成扰动形态),有的有外环,有的旋臂