芽孢（endospore）又称“内生孢子”或“芽胞”，是细菌休眠体。常见的产芽孢细菌主要为芽孢杆菌属（Bacillus）、 梭状芽孢杆菌属（Clostridium）、芽孢乳酸菌属（Sporolaetobacilbs）等。产芽孢细菌在营养条件缺乏时，在菌体内形成圆形或椭圆形的芽孢休眠体。芽孢含水量极低，抗逆性强，能经受高温、紫外线，电离辐射以及多种化学物质灭杀等，在灭菌监测中，可利用芽孢的高抗逆性制备生物指示剂。 尽管芽孢与孢子的英文名称均为spore，但二者的界限从来就没有混淆过，微生物学界也不曾有过分歧意见。恶劣环境下，一个细菌产生一个芽孢，条件适宜时重新成为一个细菌，数量没有增加，因此芽孢不是细菌的繁殖体，是休眠体，因此称作“芽胞”更为确切。