位点（Locus：Loci as pl）：染色体上一个基因或者标记的位置。位点有时特指DNA上有表达功能的部分。某些酶只能切割有两个识别序列的底物DNA分子。例如，BspMI、SfiI和NgoMIV为同源四聚体蛋白，它们结合2个识别序列，并同时切开4个磷酸二酯键。这些酶的底物DNA分子上必须有两个识别位点，当只有一个识别序列时，切割就变得相当困难。这种现象虽不是很普遍，但在IIs型内切酶中还是相当常见的。这些酶通常情况下为单体，但切割两条链时会很快结合形成二聚体。这些酶包括FokI、BsgI、BpmI和MboII。另外一些酶，如EcoRII和NaeI所需的两个识别位点中，一个位点作为目标被切割，另一位点作为变构因子协助切割。对这些酶而言，第二个协助切割的位点可以在底物DNA上，也可以以寡核苷酸的形式存在。HpaII、NarI和SacII在某些底物的一些位点切割效率很低，或是干脆无法切开，其作用机制尚不明了。某些限制性内切酶对同一底物的不同位点切割效率不同，这种现象被称为内切酶的位点优势效应。1975年，Thomas和Davis发现EcoRI并不是随机切割λDNA分子上的5个识别位点，其