药用资源功能基因组（functional genome of medicinal resources），医学-现代医学-药学领域-生药学-分子生药学-药用资源功能基因组，采用高通量的方法在基因组水平或系统水平上研究药用资源中基因和蛋白的转录、翻译、相互作用及其功能的技术。药用资源功能基因组是在获取高质量基因组序列的基础上，通过整合和扩展基因组、转录组、表观修饰组、蛋白质组、染色体结构组、代谢组和表型组等知识，系统地研究基因组的生物学功能。与药用资源基因组关注遗传信息的静态序列和结构不同，药用资源功能基因组更多地关注遗传信息的动态呈现，如全基因组范围基因的表达和调控，非编码序列对基因表达调控的作用，染色体复制、交换、重组和脱氧核糖核酸、组蛋白、核糖核酸修饰的调控，转录本的表达、运输、剪切和修饰，蛋白-蛋白相互作用，蛋白的活性状态等。它的目的是理解药用资源基因组在基因水平、转录本水平、蛋白质水平的功能，以及与药用资源有效成分含量和适应性的关系。它的关键特征是使用高通量技术在全基因组范围进行整合分析，而不是传统的对单个基因的研究。