药用资源遗传多样性（genetic diversity of medicinal resources），医学-现代医学-药学领域-生药学-分子生药学-药用资源分子系统学，地球上所有药用动植物所携带的遗传信息的总和。一般所指的遗传多样性是指种内的遗传多样性，即种内个体之间或一个群体内不同个体的遗传变异的总和。种内的多样性是物种以上各水平多样性的最重要的来源。遗传变异、生活史特点、种群动态及其遗传结构等决定或影响着一个物种与其他物种及与环境相互作用的方式。而且，种内的遗传多样性是一个物种对人为干扰进行成功反应的决定因素，种内的遗传变异程度也决定其进化的趋势。从遗传多样性研究的历史看，早期的研究主要集中在形态学标记和细胞学标记。从20世纪60年代起，等位酶、同工酶技术逐渐用于物种遗传多样性的研究。21世纪，研究者开始利用脱氧核糖核酸（DNA）序列研究药用植物遗传多样性，促进了中药资源可持续利用、中药分子鉴定、药用植物遗传多样性保护、中药材道地性的遗传机制等方面的研究。