深圳证券清算系统是由深圳证券交易所、深圳中央登记结算公司、全国各地的存管会员、结算会员组成的，通过现代化通讯设备联结运作的电子化网络整体。股份清算实行净额交收制度，登记公司将每天应收取证券商的股份数目与应付予证券商的股份数目相抵后的净额通过电脑账面的股份清算账户以增减该证券商清算账户余额的方式完成证券的一级清算; 证券的二级清算与交易过户由各证券商所在地的证券登记机构完成，其资金清算在深圳证券交易所和各会员证券商之间进行; 深圳证券中央登记结算公司设立后，深圳证券市场的资金清算过渡到三级清算的模式。