扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，如此处长期阻塞，分泌物引流不畅，干酪样物积聚，致不易溶解的钙、镁等无机盐沉积而成结石。其核心可为小异物、脱落的上皮细胞或细菌等。在有纤毛菌丝的周围亦常可发生结石。扁桃体结石通常体积较小，多嵌在扁桃体上隐窝内，会使患者感到不适或疼痛。结石的成分中含有大量的磺胺类物质同时携带大量细菌，当结石破碎时会散发出类似臭鸡蛋气味的硫化物气体，与结石带来的不适相比，这种气味造成的问题显得更为严重，因为他会使患者产生令人尴尬的慢性口臭。结石可为一个或多个，从芝麻至核桃大小，有报告一扁桃体结石重6.4克，散布于咽壁淋巴组织的结石，形小、质软、易碎;扁桃体结石则较大，坚硬如石。包埋