外来种奠基者效应(founder effect),农学-植物保护学-入侵生物学-〔生物入侵效应〕,外来种初期定殖和建立种群过程中所形成的遗传多样性母系种群的遗传特征。外来种从远距离原产地传入新的区域后,初期定殖者总是少数,即使这些少数个体能够形成一个小的种群也仍然面临着很大的生存危机,因为这个新种群的遗传组成就依赖于这些奠基者的遗传特性,如果这些奠基者不能代表它们母系种群的遗传特征,那么新建立的种群就有可能表现出遗传多样性的降低,因此这个阶段是生物入侵过程中种群发展的瓶颈时期。在外来种传入、定殖和建立种群过程中,经常存在着奠基者效应、瓶颈效应和阿利效应,这是外来种成功定殖前必须要克服的几个制约因素。在这个过程中,由于大多数的生物入侵都由少量的入侵个体发展而来,因而入侵种群的遗传多样性可能会显著少于原产地种群。而且,由于遗传漂变作用,入侵种群中的等位基因频率及基因型频率可能会发生明显的改变。大多数情况下,外来种的引入和扩散都是偶然的、小规模的,典型的入侵开始于来自原产地大种群中的少量个体被运送和释放到新的分布区,随后定殖和建群。