上海巴斯德研究院（Pasteur Institute in Shanghai），理学-科学技术史-医学史-〔中国重要医学机构〕，近代上海医学研究机构之一。1949年之前，上海曾先后两次建立过巴斯德研究院，它们分别建在公共租界内和法租界内。这两个分支机构对中国微生物学、现代免疫学、公共卫生事业和现代医学教育的启蒙和发展都做出了很大贡献。1899年3月，上海工部局卫生处在上海公共租界内建立巴斯德研究院，又称狂犬病治疗所，专门以巴斯德法治疗狂犬病，即注射预防狂犬病疫苗。1937年后，因法租界开设了同样的机构，所以到工部局巴斯德研究院就诊者有所减少。其最终转归不详。该院对于上海地区狂犬病进行了比较深入的研究，并且通过向民众大力宣传狂犬病知识和协调组织各相关医院，对上海地区的狂犬病免疫、治疗工作以及公共卫生事业起到了启蒙和促进作用。在中国，它是最早从事狂犬病预防工作、最早以近代科学方法对狂犬病进行治疗的机构。1938年1月1日，上海公董局化验所与巴黎巴斯德研究院等机构联合在上海法租界内建立上海巴斯德研究所。