健康损害补偿制度（health damage compensation system），工学-环境科学-环境法学-环境保护法-环境法律制度，有关政府对因环境污染所导致的健康损害在通过其他方式无法获得及时、妥善的救济时，给予一定的必要补偿的一系列法律规定的总称。属于一种行政性的社会救助制度。从发达国家的实践来看，有一些环境污染，如大气污染、水污染和土壤污染等所导致的健康损害呈群体性、长期性、复杂性与可补救性特征。此类健康损害涉及人数众多，影响范围广泛，现有的正常法律渠道不能给予救济或救济不足。如果受害人长期无法得到有效救济，将可能导致社会矛盾激化，严重威胁社会稳定。因此，对此类环境健康受害人给予切实的补偿，可以有效化解社会矛盾，有利于社会的和谐与稳定。日本于1973年颁布了《公害健康被害补偿法》，建立起环境污染健康损害补偿制度，对远距离、长期、多重污染所致生命、健康损害的受害者由政府给予补偿救济。美国、法国和荷兰等国也通过一定的环境基金对于那些无法获得赔偿的因环境污染导致健康受损的受害者进行补偿。