药用资源分子育种（molecular breeding of medicinal resources），医学-现代医学-药学领域-生药学-分子生药学-药用资源分子育种，将分子生物学技术应用于药用资源品种选育中，从而培育出满足特定要求的新品种的方法。通常包括分子标记辅助育种、遗传修饰育种即转基因育种和脱氧核糖核酸（DNA）水平的基因编辑。主要研究内容包括药用资源目标数量性状基因座（quantitative trait loci; QTL）定位和基因克隆、分子标记辅助选择、基因工程、遗传转化等。随着各种基因编辑技术特别是CRISPR/Cas9技术的在多种动植物中获得成功，以及越来越多药用资源基因的功能被解析，基因编辑技术必将成为药用资源分子育种的又一个重要手段。