基因组系统发育(phylogenomics; genome phylogeny),理学-生物学-微生物学-微生物分类学-〔分子系统学 〕,基于全基因组学信息进行生物系统发育学的研究,建立系统发育树(进化树),以阐明生物间的亲缘关系,是生物进化学与全基因组学交叉的新学科。“phylogenomics”一词由美国进化生物学家J.A.艾森[注]将系统发育学(phylogeny)和全基因组学(genomics)两个词拼接而造出的一个新词。自美国微生物学家C.R.伍斯[注]创建以16S rRNA(18S rRNA)基因序列为基础研究生物进化系统发育的方法以来,相继建立了持家基因(housekeeping gene)、ITS序列分析、多基因位点序列分析(multilocus sequence analysis; MLSA)和多位点序列分型(multilocus sequence typing; MLST)等方法与技术。这些方法与技术对评价生物间的亲缘关系,确定其分类地位起到了关键作用。但这些只是取用生物个体的单个基因或少数几个基因的序列,甚至仅为基因间一段特定的序列,因而有一定的局限性。