地下深部微生物(deep subsurface microbe),理学-生态学-微生物生态学-微生物生态类群-地球深部微生物,生活在陆地及海底表面以下的微生物。地下深部微生物主要生活在岩石空隙环境中,从岩石中摄取无机营养成分,从水-岩石反应中获取能量进行生长。以细菌(变形菌门、厚壁菌门)为主,古菌和真核微生物丰度较低。地下深部微生物的总量可与地表生物量相当,但是分布不均匀,主要受控于地质条件(特别是温度)、岩石和流体的理化性质等。地下极端环境造就了地下深部微生物独特的生理生态特征,如厌氧(或者兼性厌氧)、自养、嗜热、嗜压、寡营养、耐辐射、耐干旱等。尽管地下深部微生物个体小、生长速率缓慢(某些微生物细胞分裂一次需要一个世纪或更长时间),但是它们物种多样(以变形菌门、厚壁菌门为主)、功能丰富,在矿物岩石风化、元素循环、油气与金属矿产的形成和迁移、有机污染物的降解等方面起着重要作用;某些地下深部微生物能产特殊的抗生素及耐热酶等物质,在生物工程上具有广阔的应用前景。