药用资源蛋白组（medicinal resources proteome），医学-现代医学-药学领域-生药学-分子生药学-药用资源功能基因组，药用资源在特定时间或状态下表达的蛋白质的集合。蛋白质组学的概念由M.威尔金斯（Marc Wilkins，澳大利亚）在1994年的“二维凝胶：从蛋白图谱到基因组”讨论会上提出，次年见于威尔金斯的博士学位论文。药用资源蛋白质组可分为细胞蛋白质组和完整蛋白质组。药用资源细胞蛋白质组是指特定细胞在特定环境如激素刺激下表达的蛋白质总量。药用资源完整蛋白质组则是指各种细胞蛋白质组的集合。由于一个基因可以通过可变剪接产生多个蛋白，因此药用资源蛋白质组可以比药用资源基因组大，其中有一半的蛋白与已知的蛋白没有序列或结构的同源性，通常称为“暗蛋白质组”，并表现出意想不到的特征和功能。与药用资源基因组相对稳定不同，药用资源蛋白质组更加复杂和动态化，会随着发育时期或细胞所处的状态不同而发生变化。