植物内生微生物（endophytic microbe），理学-生态学-微生物生态学-〔微生物与动植物、人类关系〕-植物内生微生物，在植物生活史的一个阶段或者全部阶段，存活于植物内部而又不引发宿主植物表现出明显感染症状的微生物。内生微生物的概念是由德国植物学家H.A.德巴里[注]1866年提出。直到1993年，《科学》（Science）杂志报道从短叶紫杉（Taxus brevifolia）中分离出内生真菌安德烈亚紫杉霉（Taxomyces andreanae），该菌能产抗癌化合物紫杉醇，启发了人们从植物内生微生物中获取与植物产生的相同或相似的化合物，扩大了药用微生物资源的范围，植物内生菌研究因而受到广泛重视。植物内生微生物有丰富的多样性，并表现出植物不同部位、组织优势菌株的差异性与专属性。主要包括内生真菌、内生细菌等。内生真菌以子囊菌门较多。