蛋白质分子设计(protein molecular design),理学-生物学-生物工程-蛋白质工程-蛋白质工程-蛋白质分子设计,基于已知结构的蛋白质,依据相关的生物学实验基础,选择合理的分子模拟技术及相关数理统计方法(例如分子力学、分子动力学、蒙特卡罗模拟以及数值和非数值优化技术等),从理论上设计合适的蛋白质突变体,为有目的的蛋白质工程改造提供设计方案的方法。原理理论设计和实验过程相互结合的一个过程。在计算机模拟的基础上构建突变基因,进而获得突变蛋白质产品,然后进行功能验证,并在实验基础上循环修正,是理论和实验并重并交叉进行的循环。