分子遗传图谱（molecular genetic map），农学-园艺学-果树学-果树育种-果树杂交育种-〔性状遗传〕，以DNA分子标记为主体构建的遗传图谱。又称分子标记连锁图谱。遗传图谱又称连锁图谱或遗传连锁图谱，是对遗传重组结果进行连锁分析得到的基因标记或其他遗传标记在染色体上相对位置的排列图。分子遗传图谱构建的理论基础是染色体上多态性DNA片段（即分子标记）的交换和重组。在细胞减数分裂时期，非同源染色体上的分子标记相互独立、自由组合，而同源染色体上的两个非姊妹染色单体之间的分子标记发生交换，导致非等位分子标记间的重新组合，形成重组子。重组型配子数占总配子数的比例称为重组率，用r表示。重组率的高低取决于交换的频率，两对分子标记之间的交换频率则取决于它们之间的直线距离。重组率的值介于完全连锁时的0到完全独立时的50%之间。重组率可用来表示分子标记间的遗传图距，图距单位用厘摩（centi-Morgan, cM）表示，1厘摩的图距大致相当于1%的重组率，但不同生物1厘摩图距所对应的实际物理距离（碱基对数量）存在很大差异。