生物分子数据（biomolecule data），理学-物理学-〔物理学与其他学科的交叉〕-生物信息学，反映有关生物体中分子信息，并经过数据净化处理后形成具有标准格式、实时性和注释性的数据集合。生物分子一般是具有特定结构，以一定的组织性存在生物体中，包含有分子量一般在一万（道尔顿，Da）以上的生物大分子和分子量通常在500以下的生物小分子等不同种类。构成生命物质基础的生物大分子主要有蛋白质、核酸等。它们具有分子量大、种类多、结构复杂等特点。生物小分子主要包括代谢产物、天然产物等。领域内已经存在很多公共生物分子数据库，如核酸数据库、蛋白质序列与结构数据库、生物分子图像数据库等。这些数据库通常具有以下特点：①标准化。存储在数据库中的数据记录需要具有规范与统一的格式，以方便实现自动化地访问与标准化使用。②及时性。生物分子数据库中的记录往往需要与最新的实验结果和相应文献相匹配，及时更新，以反映相关分子的最新知识。③完整性。生物分子数据库中的记录要尽可能对相关数据字段有详细的解释说明信息，以保证数据的完备性。④高质量。