自交不亲和（self-incompatibility），农学-园艺学-果树学-果树育种-果树杂交育种-〔杂交育种性状〕，自花授粉时花粉不能在柱头上萌发，或萌发后花粉管生长受限、胚珠无法受精、胚的发育受到抑制，导致无法产生种子和坐果率极低的现象。自交不亲和是园艺植物普遍存在的一种防止近亲繁殖、维持遗传多样性的机制。在许多蔷薇科果树的种植中，由于自交不亲和而需要配置授粉树或人工授粉，增加了生产成本。自交不亲和的基本类型包括：①配子体型自交不亲和。花粉的自交不亲和表型由其自身的配子体单倍体基因型决定，是最常见的自交不亲和类型。在分子水平上，其机制又包括基于S-核酸酶（S-RNase）型和S-糖蛋白型的自交不亲和。大部分主栽果树如苹果、柑橘、梨等都表现典型的基于S-RNase型的配子体自交不亲和。果树这一特性促进了品种间遗传信息的交流，生物学上有利于其自身的进化。②孢子体型自交不亲和。花粉的自交不亲和表型由产生花粉的二倍体基因型决定，主要存在于十字花科芸薹属、菊科、旋花科、桦树科、石竹科等植物中。利用自交不亲和系作母本，与其他自交不亲和系、自交系或正常品系进行杂交，可以避免去雄操作，省时省工。