系统进化树(phylogenetic tree),理学-生物学-生物工程-酶工程-酶工程-酶分子改造-酶半理性设计,研究物种进化和系统分类的方法。又称系统演化树(evolutionary tree)。表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。在系统进化树中,每个节点代表各分支的最近共同祖先,而节点间的线段长度对应演化距离(例如估计的演化时间)。根据“树”是否有根,可分为有根系统进化树和无根系统进化树两类。在有根系统进化树中,有一个叫“根”的特殊结点,用来表示共同的祖先,由该点通过唯一途径可产生其他结点。有根树是具有方向的树,而无根树是没有方向的树,其中线段向两个方向演化都有可能(见图)。有根系统进化树归于一个节点,反映了树上物种或基因的时间顺序,而无根系统进化树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先。系统进化树分类最早被用作表示不同物种间的演化关系,随着现代分子生物学的发展,生物大分子,如基因、蛋白质等的演化规律(序列变化)也可以用系统进化树来表示。以蛋白质为例,通常认为,现有生物体中的蛋白质都是由祖先蛋白经过不同阶段的演化而来。