水域微生物（aquatic microbes），理学-生态学-微生物生态学-微生物生态类群-水域微生物，生活在水体环境中的各类微生物的总称。自然界中水介质是微生物生长繁殖的良好场所。由于不同地区水体的物理和化学条件差异显著，所以不同地区水体以及同一水体不同区域的微生物种类和数量差异很大。根据水体的环境特征，可分为内陆水体微生物（inland water microbes）、热泉微生物（hot spring microbes）、地下水微生物（below-ground water microbes）、海洋微生物（marine microbes）等类群。