马尾要港司令为少将级,司令部编制官兵83名,附有特务排。所辖要塞官兵,总台部49名,长门礼台163名,电光山主台147名,划鳅炮台136名,烟台山炮台71名,金牌山炮台49名,北岸炮台64名,崖山炮台36名,鱼雷台9名,共计724名。民国16年海军归附国民革命军,并协助安定闽中局势。是年12月改组海军闽厦警备司令部,分别在马尾、厦门设海军警备司令部。马尾警备司令部辖长门要塞和海军陆战队两个混成旅,郁邦彦任警备司令。不久海军警备队编入马尾海军练营,旋即以警备司令兼要港司令。民国17年4月,郁邦彦任海军马尾港司令兼宁福警备司令。翌年9月,闽局安定,宁福警备司令部撤销,马尾要港司令部遂为专任。